تأسست كنيسة العائلة المقدسة بين عامي 1860 و 1870 على أيدي راهبات القديس يوسف وراهبات الوردية. واستهلت الكنيسة أعمالها في بداية عهدها بتوفير القداس لطلاب المدارس، ولكن مع ازدياد عدد الطلاب تقدمت الكنيسة بطلب إلى بطريرك الكنيسة اللاتينية الأسقف فاليرجا بإنشاء مبنى لها. أما الكنيسة الحالية فقد أنشئت في عام 1913 بموافقة من العثمانيين الذين حكموا فلسطين آنذاك.
